Испания, 1944 год. В суровых лесах Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистских сил. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь к своему новому отчиму — капитану Видалю. Жестокий офицер армии Франко, он безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любыми средствами. В этом мрачном мире Офелия находит утешение в сказках и неожиданно открывает поблизости древний заброшенный лабиринт.
Внутри лабиринта её встречает фея, которая приводит девочку к его хранителю — таинственному Фавну. Существо раскрывает Офелии невероятную тайну: она — пропавшая принцесса волшебного королевства, чей отец веками искал её. Фавн предлагает ей шанс вернуться домой, но для этого она должна выполнить три испытания до полнолуния. Главное условие — абсолютная секретность, ведь никто не должен узнать о её миссии.